Final Fantasy IX se déroule sur une planète nommée Héra, occupée par quatre grands royaumes : Alexandrie, Lindblum, Bloumécia et Clarya. Jusqu'à aujourd'hui, ces quatres rivaux ont réussi à maintenir une paix relative mais qui commence à être menacée. Depuis la mort du roi d'Alexandrie, peu de temps avant le début du jeu, un mystérieux personnage rôde dans les couloirs du château et semble comploter quelque chose avec la reine. La guerre menace... Dans ce climat insécure, l'héritière du trône d'Alexandrie, la princesse Grenat Di Alexandros soupçonne une conspiration mais n'est sûre de rien, elle décide alors d'elle même de sévader du château et de rejoindre son oncle à Lindblum, le roi Cid. Ce dernier, n'étant pas né de la dernière pluie avait également eu vent des manigances à Alexandrie et recrute une bande de voleur, les Tantalas dont Djidane fait parti, pour enlever la princesse et l'accueillir à Lindblum.

C'est ainsi que l'histoire commence. Ne connaissant pas les intentions de la princesse, les Tantalas organisent une pièce de théatre à Alexandrie pour l'anniversaire de Grenat dans le but de l'enlever pendant que toute l'attention des gardes et de la reine se focalise sur la pièce. Après quelques péripéties, la princesse se retrouve dans le bateau volant des Tantalas ainsi que le capitaine de la garde d'Alexandrie : Steiner. Seulement, la reine a juste le temps de s'apercevoir de la supercherie et d'envoyer un boulet sur le bateau qui s'enfuira malgré tout avec à son bord tous les Tantalas, Djidane, Grenat, Steiner et un petit mage noir arrivé par hasard : Bibi.

Peu de temps après, la guerre éclate et la reine d'Alexandrie prend le contrôle du royaume de Bloumécia à l'aide d'une armée très spéciale composée de Mage Noirs, pantins sans coeur ni âme utilisant de la magie noire. Mais derrière cette guerre se cache un complot beaucoup plus inquiétant et dont certains personnages inconnus, au départ, tirent les ficelles...