Dans le monde de Final Fantasy V, l'équilibre de la planète dépend de 4 cristaux : Vent, Feu, Terre et Eau. Chacun de ces cristaux permettent également de contenir les forces du mal.

L'histoire commence lorsque le roi Tycoon sent un grand danger approcher du cristal du Vent. Il décide alors de voir ce qui s'y passe. Il laisse sa fille, Lenna, seule au château et s'envole à dos de dragon vers le lieu où repose le cristal. En arrivant, l'impensable se produit sous ses yeux : le cristal du Vent vole en éclats.

Pendant ce temps, une météorite s'écrase sur la planète à coté d'un châtelain nommé Butz. Ce dernier, curieux, décide d'aller voir ça de plus près. Sur place, il voit Lenna, en train de se faire enlevée par deux créatures étranges. Il se précipite donc pour la sauver. Avant de partir, il entendent un vieil homme, Galuf, appeler à l'aide. Ce dernier est amnésique depuis le crash ...