Le monde de Final Fantasy VII est dominé par la Shinra Inc., que ce soit de manière millitaire ou économique. Cette société utilise les réacteurs Mako qui puisent l'énergie de la planète pour la transformer en électricité. Un des produits de la Mako est la matéria qui est un concentré de Mako et est utilisée pour faire de la magie.
La Mako est, en fait, puisée dans la Rivière de la Vie, rivière de laquelle proviennent tous les êtres vivants. Autrement dit, la Shinra Inc. puise peu à peu l'énergie vitale de la planète.

La direction de la Shin-Ra est concernée par les dépôts limités d'énergie Mako et est fascinée par l'idée d'une 'Terre Promise" (endroit où la terre est incroyablement fertile et où la Mako coule abondamment). Seule la race Cetra, appelée aussi Ancients, est capable de la trouver. Cependant, la race des Cetra est poussée à l'extinction et il n'en reste qu'une seule : Aeris Gainsborough, que la Shin-Ra essaye de retrouver.
Le jeu commence dans la grande ville de Midgar avec le groupe de résistant anti-Shinra : AVALANCHE. Cloud s'est engagé dans ce groupe uniquement pour l'argent et est nullement intéressé, au départ par leur motivation de détruire la Shinra.

Il finira par découvrir un lien entre la Shinra et une de ses connaissances : Sephiroth qu'il croyait mort depuis longtemps. Commence alors pour le jeune héros un conflit interieur liant la Shinra, Sephiroth et sa propre identitée...