Galbadia, Balamb et les pays alentours ont vécu en paix depuis presque 20 ans. Les trois grandes académies millitaires de la planète ont entrainé des générations de mercenaires. Ces soldats, les SeeD ont pour rôle de protéger telle ou telle région ou bien d'accomplir une mission après que leur académie d'origine ait signé un contrat avec un particulier ou une entreprise.

Dirigés par une sorcière démoniaque, Edea, les forces de Galbadia envhaissent les pays voisins et veulent étendre leur suprématie sur le monde. Peu après être devenu SeeD et à l'aide de quelques amis SeeDs, Squall part en quête pour stopper cette invasion...