Secret of Evermore commence avec un flashback en 1965 dans la petite ville de Pontoise, France. Juste a coté de la ville se trouve un immense manoir dans lequel des expériences sont en cours; Au cours de celles-ci, le Professeur Louis Rouflaquette provoque une explosion électrique.

Après cette explosion, le jeu reprend en 1995. Un jeune homme accompagné de son chien sort du cinéma. Une fois dehors, le chien apperçoit un chat et ainsi une course poursuite commence pour se terminer dans le manoir dans lequel, 30 ans auparavant, le Professeur Rouflaquette rata son expérience. A leur grande surprise, le manoir est plein d'objets insolites et de machines. Le chien, ayant perdu la trace du chat, refait des siennes et mord des câbles électriques enclanchant ainsi l'énorme machine.

Cette erreur a pour effet de téléporter les deux héros dans le monde d'Evermore en commençant par la station spaciale, Métropolis. A peine arrivé, le héros est accueilli par un majordome qui le conduit et l'enferme dans une pièce dans laquelle des robots féroces attaquent le jeune homme. Ce dernier réussit à s'enfuir grâce à un pod dans lequel il retrouve son chien. Mais ce vaisseau les transporte automatiquement dans une jungle très dense ...